Así se deslizo la vida del Hno. Alfonso en Irapuato durante un año y 4 meses. Los Superiores volvieron a solicitar su servicio abnegado y silencioso pares la Casas de Estudios, a la cual llego, el 18 de diciembre de 1943.

LA CASA DE ESTUDIOS DE COYOACAN

Como dijimos en el capitulo anterior, el Hno. Alfonso fue designado como parte del personal de la nueva fundación de Puebla a mediados de 1939, con el fin primordial de que atendiera a los Misioneros del Espíritu Santo estudiantes de Filosofía y Teología, que iban a vivir cerca del Templo de la Concepción en dicha ciudad. Poco duro el «Escolasticado» de esta residencia angelopolitana, pues al poco tiempo los Superiores enviaron a Roma a varios de los estudiantes, y así se disolvió esa incipiente Casa de Estudios. El Hno. Alfonso Pérez continuo prestando sus servicios en la casa de ministerio del Templo de la Concepción en Puebla, y paso después al Santuario del Centro de Irapuato.
Se volvió a establecer la Casa de Estudios a finales de 1943, en Juárez #15, Tlalpan, D.F, poco antes del 4o. Capitulo General de julio de 1944. Alfonso fue destinado a ese Escolasticado en los últimos días de 1943 y fue testigo de todas las vicisitudes por las que atravesaron los estudiantes, ya que la casa era una residencia mas bien pequeña: hubo que construir, pero de todas maneras el local no era suficiente, y el 23 de mayo de 1945 el Padre Tarsicio Romo, Superior entonces de dicha casa, consiguió un buen edificio grande, amplio, de 3 pisos, en la calle de Fernández Leal 31 en Coyoacán, a donde se traslado el Escolasticado, abandonando Tlalpan.
El Hno. Alfonso Pérez, que era el cocinero, se encargo del traslado de las cosas de la cocina y despensa, sin que por ello dejara de preparar las comidas para ese día del cambio. Al día siguiente, ya tenía organizado el servicio de cocina en la nueva residencia, lo cual ayudo muchísimo a que todo marchara bien.
En Fernández Leal estuvo el Escolasticado cuatro hermosos e inolvidables años hasta que en mayo de 1949 se consiguió para los estudiantes la propiedad de Elenita Pina: ((El Altillov, también en Coyoacán, a donde se traslado el Escolasticado, y allí siguió Alfonso prestando su abnegado servicio hasta abril de 1954 en que, debido a su mala salud y al cansancio natural de sostener la cocina de una numerosa comunidad -hasta 100 estudiantes- por espacio de 10 años, los Superiores lo cambiaron a la Casa de Morelia "para que descansara".
Ya tenía práctica el Hno. Alfonso y conocía bien los gustos, las virtudes y las mañas de los estudiantes, pues en Roma había desempeñado ese cargo pensando que su papel era imitar a San José y a la Virgen María en la casita de Nazaret, donde Jesús "a los 20 años", como le decía Nuestro Padre, estaba preparándose para su misión.
No vivía ya el P Félix, pero el P Tomás Fallon, residente en San Felipe de Jesús, lo sostenía con sus sabios y prudentes consejos de dirección espiritual.
El P Alfonso Alcalá, quien lo trato en la Casa de Fernández Leal, dice que:

El «Marte» era un perro de gran tamaño que espantaba a quien lo vela, pero manso y paciente. Uno de los estudiantes lo había ensenado a saltar la reata en brincos de altura, que cada vez iba subiendo mas y mas, y si no la saltaba el perro, sufría castigos injustos. La reata fue sustituida después por el dedo de este hermano en posición horizontal, y el perro saltaba como si existiera la reata. Esto no le gustaba al Hno. Alfonso, pues el animal era objeto de risa para todos.
En Fernández Leal había muchos animales de toda especie: domésticos como el Marte, el Jolino, perro muy querido por el P Roberto de la Rosa, gatos, un gallinero en el que los gallos despertaban temprano a los estudiantes con sus cantos, y las gallinas todo el día hacían un coro inconfundible... y había también sabandijas de muchas clases: cucarachas, mosquitos, arañas, alacranes, ratones. El Hno. Alfonso sufría mucho cuando los estudiantes maltrataban por cualquier causa a estos animales, y decía al culpable: "No mate al mosquito; no le pegue al perro, etc. Nosotros tenemos otra vida, pero ¿no ve que ellos no? No se las quite. Déjelos gozar."
Yo recuerdo que el P Joaquín Madrigal, Superior del Escolasticado, designaba a algunos estudiantes para que fuéramos a trabajar en la cocina y así ayudar un poco al Hno. Alfonso, especialmente cuando había muchos estudiantes y el tiempo era limitado. A mi me mandaron en una ocasión. Le expresó al Hermano mi absoluta ignorancia en materia culinaria; después de fregar los platos, que es lo que yo sabía hacer, me pidió que le ayudara a hacer unos macarrones: con toda paciencia me explicó como tenía que hacerlo, pero yo pensé que era mas fácil poner los macarrones en agua fría y que así se calentaran y se cocieran. A la hora de servir la mesa me preguntó si ya estaban los macarrones y le dije que si: cuando él destapó la olla encontró un engrudo que ciertamente no era comestible. Movió la cabeza, pero no me dijo ni una palabra. Ya no recuerdo cómo salió del apuro presentando otra cosa. Lo que si se es que al día siguiente no me enviaron a la cocina; ciertamente no fue una reprimenda, pues yo mismo le había contado el caso al P. Madrigal.
Le gustaban las cosas calientes, más aún, la leche la tomaba hirviendo y, para que su desayuno «le supiera» como decía él, recuerdo que se sentaba junto al fuego, donde colocaba la taza de peltre para que a la hora de dar un trago estuviera de veras hirviendo.
Todas las semanas iba al mercado a traer la despensa, como antes en Tlalpan, en Roma, y en todos los lugares donde había ejercido este cargo. El Hno. Magdaleno Rangel, que estuvo con él una temporada, del 23 de mayo al 16 de octubre de 1946, recuerda que:
en estos oficios se distinguía él por su caridad y abnegación, propia de los hombres virtuosos.

Cuando el P Alfredo Galindo fue Superior del Escolasticado, con el fin de oír las graciosas disculpas
que el Hno. Alfonso hacia de los demás, sacaba a relucir los defectos físicos, y aun morales, de los estudiantes o de otras personas, exagerándolos, y se reía mucho de las disculpas que escuchaba: "No, si no esta viejo, lo que pasa es que ha tenido que trabajar mucho y por eso se ve un poco fatigadito"... "No, si no es fea esa señora, fíjese bien y verá que es muy agraciadita "—Dirá agrasadita, Hermano", —" No",
Padre, eso no lo dije; sufre con el frío y por eso se pone mucha ropa"... Y así por el estilo.